Ферганский медицинский институт общественного здоровья создан как «Медицинский центр» при Ферганском государственном университете на основании совместных приказов Министерства высшего и среднего специального образования и Министерства здравоохранения от 28 мая 1992 года № 189 и 311. решением Кабинета Министров от 29 июля 2005 года преобразован в Ферганский филиал Ташкентского государственного второго медицинского института и преобразован в Ферганский филиал Ташкентской медицинской академии. Постановлением Президента Республики Узбекистан № PQ-4911 от 3 декабря 2020 года «О создании Ферганского медицинского института общественного здравоохранения» на базе Ферганского филиала Ташкентского медицинского института создан Ферганский медицинский институт общественного здравоохранения. Медицинская академия. С момента создания института в 1992–1997 гг. профессор Мирзаев К.М., доктор медицинских наук в 1997–2005 гг. Ю.Н. Нишонов, доктор медицинских наук в 2005–2012 гг.; М. А. Абдурахманов, к.т.н. в 2012–2015 гг.; и профессор Р.Дж. Усманов, к.ф.н. в 2015–2017 гг. Х.А. Маматкулов, к.б.н., в 2017–2021 гг. Г.Н. Султанов, а с 2021 г. к.т.н. А.А. Сидиковы руководили учебной и научной сферой института в 1992–1997 годах; профессор К.М. Мирзаев в 1997–1998 годах; доктор медицинских наук Ю.Н. Нишонов в 1998–2000 гг., доктор медицинских наук Г'.Н. Раимов, в 2000–2005 гг. Абдурахмонов М.А., в 2005-2006 гг. профессор М.К. Горабоев, в 2006-2012 гг. профессор Ш.С.Бахритдинов, в 2012-2013 гг. доцент Ф.Х. Расулов, в 2013-2015 годах возглавлял доктор медицинских наук Е.Исоков, а в 2015 году Ботиров М.Т. С 2016 года Ш.А.Норматова курировала научную сферу. Ферганский медицинский институт общественного здравоохранения заключил контракты с более чем 30 высшими учебными заведениями мира и поддерживает постоянные отношения сотрудничества в образовательной, научной и образовательной сферах.